明、清時期，朝廷都有派遣官員到地方處理臨時事務的慣例，清朝尤其頻繁，所以清朝對欽差大臣的規定也較為完善。跟一般官職不同，欽差大臣是朝廷臨時加派的職位，他們處理事務後，就會被裁撤。當這些欽差大臣被派往地方後，他們跟地方官的關係就十分微妙。
清朝的時候，朝廷派遣欽差大臣，很重要一個目的就是希望能制約地方督撫的權力。在整個清朝歷史中，地方督撫權力在不斷擴張。

他們原本只是掌握地方軍政大權的二品官員，但是在發展過程中，總督掛銜從一品官職，巡撫也兼職成為正二品。它們不僅地位提高，權力也在增長。它們不僅真正獲得實際意義上的地方軍政大權，還將權力滲透到原本職權規定以外的領域。
它們逐漸擁有對州縣官員的任免。如果任其發展，不受約束，督撫就擁有跟朝廷叫板的權力。朝廷一面縮短總督、巡撫的任期把他們調到不同地方任職，同時派出欽差大臣。

但派遣欽差大臣也分情況。一般情況下，如果地方出現重大刑事案件，朝廷擔心地方官互相勾連，不能秉公處理，往往會派遣欽差大臣前往。同治年間的楊乃武和小白菜案，地方官徇私枉法，屈打成招，犯人蒙冤。
楊乃武家人喊冤，通過關係，終於說動軍機大臣翁同龢和慈禧重審此案。朝廷擔心地方官再度勾結，所以委派浙江學政胡瑞瀾擔任欽差大臣重申此案。

除了重大案件外，遇到賑濟災荒、修建工程等事務，也是朝廷常派遣欽差大臣。因為這些事情最容易引起貪污。但這些都不是固定，只有巡視軍隊成為欽差大臣的常例。《欽差大臣巡閱各省營伍例》對於欽差大臣如何巡視軍隊，都有明確規定。
為了讓欽差大臣可以更好執行朝廷指令，清朝賦予他們極大的權力。但是，欽差大臣本身是根據臨時任務設置的，所以朝廷賦予他們的權力本身並不固定。有一些欽差大臣只是巡視監察，看看地方上是不是有人貪污腐敗。一般來說，他們不會太多直接干預地方其他日常事務。

對於朝廷來說，欽差大臣本身是臨時派遣的官職，在清朝法律當中，除了巡視軍營時，對欽察大臣有較為明確的條例規定外，其餘都是一些成例，沒有明確完整的條款約束。
所以，這樣很容易造成欽差大臣權力過大，不受約束，進而產生腐敗等問題。即便他們不貪污，跟隨在欽差大臣身邊的「小欽差」，也很難避免。胡瑞瀾以欽差大臣時，地方官就賄賂他的隨行左右。

從一個層面講，如果地方事務都要依靠朝廷推動，不給地方官員職權的話，那整個朝廷也無法運轉。地方官也會對欽差產生依賴。康熙就曾經說過：「督撫等不留心預防，及至地方有事，請皇上自能辦理，豈謂之大臣乎。」
換句話說，欽差大臣更像是一種糾錯制度，皇帝想要維持統治，還是要依靠原來規定下的制度。也就是總督、巡撫這些官員。所以，朝廷對於如何賦予欽差大臣的權力，會慎之又慎。

也有一些情況下，清朝也會授予欽差大臣調動軍隊的情況。這種就屬於欽差大臣權力較大的情況。左宗棠就曾以欽差大臣的身份指揮軍務。這種情況下，欽差大臣在職權上就有指揮地方官的權力。
當然，無論欽差大臣權力大小，他們都是可以直接皇帝對話的官員。監察御史還需要經過都察院，而欽差大臣如果願意，可以把地方情況都上報皇帝。所以，地方官員常常拚命巴結，主動交出自己的權力。

乾隆年間，欽差大臣巡視軍營的時候，軍官們都主動出迎，花大筆銀子來招待欽差。後來乾隆聽聞後十分生氣，認為派遣欽差大臣本來是為了提升軍隊戰鬥力，結果反倒成了新危害。所以，才給出欽差大臣出巡軍營應該遵守的種種規定。
也就是說，欽差大臣的權力除了受到朝廷規定的職權影響，也受到自身品行才幹的影響。胡瑞瀾擔任欽差大臣的時候，對刑名一無所知，才幹平庸，又不肯任事。地方官表面恭順，實際將他隨意擺布，淪為傀儡一般的欽差大臣。

楊乃武與小白菜的冤案仍未翻案。如果後來不是刑部尚書桑春榮重新查驗，這場冤案就要沉澱於牢獄中，化為塵埃。總結而言，對於欽差大臣而言，雖然他們因為代表皇帝辦事，地方官願意主動巴結，交出權力，但是，更關鍵的因素在於皇帝是否授予他們指揮地方官的職權，以及他們的品行和能力，決定了他們發揮的職權。

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